Aufgrund von umfassenden Begradigungen folgt kaum einer von Dänemarks Fließgewässern noch seinem natürlichen Lauf. Längstes Fließgewässer des Landes ist die Gudenå mit 160 Kilometern, welche während der letzten Eiszeit durch die Glazialströme entstand. Die Kongeå (deutsch: Königsau) war zwischen 1864 und 1920 Grenzfluss zwischen dem Deutschen Reich und Dänemark.
Siehe auch: Liste von Fließgewässern in Dänemark

Das Land umfasst zahlreiche kleinere und größere Seen. Der größte See ist der Arresø mit einer Fläche von etwa 40 Quadratkilometer – er liegt östlich von Frederiksværk. Zweitgrößter See des Landes ist Stadil Fjord (19 Quadratkilometer) auf Jütland und drittgrößte der Esromsee mit einer Fläche von 17,36 Quadratkilometer – er liegt, wie auch Arresø, teilweise in der Gemeinde Hillerød in der Region Hovedstaden auf der Insel Seeland.