Mit dem nördlichen Teil der Halbinsel Jütlands und seinen Inseln bildet Dänemark den Übergang von Mitteleuropa nach Skandinavien. 443 aller dänischen Inseln sind benannt und davon sind 73 bewohnt. Insgesamt gibt es in Dänemark 1419 Inseln mit einer Fläche größer als 100 m². Die größte Insel des Landes ist Seeland mit 7.031 km², gefolgt von Vendsyssel-Thy (Nordjütland) mit 4685 km² (das aber nicht als Insel wahrgenommen wird) und Fünen mit einer Größe von 2985 km². Seeland, in dessen östlichem Teil die Hauptstadt Kopenhagen liegt, wird durch den Großen Belt von der Insel Fünen getrennt, die wiederum durch den Kleinen Belt von Jütland getrennt ist. Die dritte Meeresstraße in der Region ist der Öresund zwischen Seeland und der Südspitze Schwedens.

Die Eiszeiten des Pleistozäns prägten die Landschaften Dänemarks maßgeblich. Überfuhren Elster- und Saale-Kaltzeit die dänische Halbinsel noch komplett unter Ablagerung von Grundmoränenmaterial, so reichte die Weichsel-Kaltzeit vor rund 20.000 Jahren nur bis etwa zur Mitte Dänemarks. Heute lässt sich diese teilweise Vergletscherung noch anhand der Hauptstillstandslinie der verschiedenen Stadiale der Weichsel-Kaltzeit nachvollziehen. Sie teilt Dänemark in das charakteristische Ost- und Westjütland.

In Westjütland dominieren ertragsarme Sanderflächen, in Ostjütland finden sich vorwiegend Grundmoränen- und Geschiebemergel. Die Stillstandslinie verläuft etwa vom Südrand des Limfjords zur Mitte Jütlands und von dort nach Süden bis Schleswig-Holstein. Das Land bildet eine Fortsetzung der Norddeutschen Tiefebene, die ebenfalls aus Ablagerungen aus der Kaltzeit besteht.

Insbesondere der Westteil Jütlands ist sehr flach, nach Osten wird es hügeliger, Moränen aus der Eiszeit prägen die Landschaft. Hier liegt auch die höchste natürliche Erhebung Dänemarks, der Møllehøj mit 170,86 m über NN.

Auch die Inseln sind durch ein Wechselspiel von Hügel- und Flachland geprägt. Einzige Ausnahme ist die weit im Osten liegende Insel Bornholm, die nicht aus Ablagerungen, sondern aus Granit, Schiefer und Sandstein besteht.

Der Verlauf der Nordseeküste Jütlands ist relativ ausgeglichen; die Küstenlinie der vorgelagerten Inseln ist sehr viel kürzer als die in der Ostsee. Der Mangel an Buchten und großen Dünenfeldern steht einem Hafenbau entgegen und so wurde erst im 19. Jahrhundert mit Esbjerg der einzige bedeutende Hafen an der Westküste Dänemarks gebaut. Der Limfjord im Norden war bis zur Sturmflut von 1825 ein Fjord; seitdem ist er ein etwa 180 km langer Sund, der die Nordsee mit dem Kattegat verbindet und die Halbinsel Jütland im Norden abschließt.

Die Ostseeküste Jütlands ist hingegen formenreich. Meeresbuchten, die Förden, reichen weit ins Land hinein; an ihnen liegen einige Hafenstädte, die zu den ältesten Siedlungsplätzen Dänemarks gehören.